Bir proteinin şekli, dört protein yapısı seviyesi ile belirlenir: birincil, ikincil, üçüncül ve dörtlü. uygun şekil.
Proteinler, içerisinde peptit bağları ile bağlanan bir amino asit dizisinin oluşturduğu polipeptitlerden oluşur. Bu dizi, proteinlerin birincil yapısı olarak adlandırılır. Birincil yapı, en sık, N-terminal tarafından başlayan listelenen amino asitlerin bir veya üç harfli kısaltmaları yoluyla rapor edilir. İkincil yapı, amino asitlerin omurga atomları arasındaki hidrojen bağları vasıtasıyla oluşturulan bir proteinin düzenli olarak katlanmış bir kesimidir. İki ana ikincil yapı tipi alfa helisleri ve beta sayfalarıdır. Bir alfa sarmalının sarmal dönüş başına 3.6 amino asit içerir. Amino asit prolin sert yapısı nedeniyle bir helezon içine sığmaz. Beta sayfaları birbirlerinin kenarı boyunca dizilmiş peptid bağları zincirlerini içerir. Her iki tutamacın da yön olarak hizalandığı veya her bir tabakanın karşılıklı olarak yönlendirildiği dikey bir şekilde olabilirler.
Tersiyer yapı, tüm peptid zincirinin üç boyutlu yapısıdır. Protein diyagramlarında, alfa helisleri genel olarak bobinler ve beta tabakaları düz bir şerit olarak gösterilmektedir. Üçüncül yapı, özelliklerine göre belirlenen bir amino asit yan zincirinin etkileşimi ile korunur. Kuaterner yapı, etki alanı olarak adlandırılan birden fazla polipeptit zinciri içeren proteinlerde bulunur. Alanların mekansal düzenlemesidir.
