Negatif lekeler, bakterilerin hücre duvarı boyayı ittiği için hücreleri renklendirmez. Negatif lekeler için kullanılan boyalar asitlidir ve negatif yüklü hücre duvarlarına girmez. Bu nedenle, yalnızca slaydın arka planı renklendirilir.
Olumlu bir leke üzerinde negatif leke kullanmanın temel avantajı, negatif lekelerin numuneyi ısıyla sabitlemek zorunda kalmadan yapılabilmesi ve örneğin bozulma olmadan mümkün olabildiğince korunmasını sağlamaktır. Bu prosedür kullanılarak, bakterilerin morfolojisi, düzeni ve boyutu korunur ve daha doğru bir şekilde belirlenebilir.
