Soğan soğanı bitki hücreleri, kloroplastlardan yoksundur, çünkü bitkinin bu kısmı toprak altında büyür ve fotosentez için gereken ışığı soğuramaz hale getirir. bu nedenle kloroplastlar.
Toprağın içinden geçen ampulün en üstündeki hücreler kloroplastlar geliştirebilse de, bu hücrelerin temel işlevi bitkiyi topraktaki zararlı patojenlere karşı korumak ve enerji depolamaktır. Bu fonksiyonlar hücre duvarı, hücre zarı, sitoplazma, çekirdek ve hücrenin büyük vakumuyla mümkün olmaktadır.
Işık mikroskobu, bir soğan hücresinin çekirdeğini, sitoplazmanın kenarında görünen bir hale getirir. Vakum hücrenin ortasında görülebilir. Bu vakuol, beyaz soğan hücrelerinde saydamdır, lekelenmedikleri sürece ışık mikroskobu için görünmez hale getirir. Kırmızı soğan hücreleri doğal olarak pigmentlidir ve bir boyama maddesinin eklenmesini gerektirmez.
Bir ışık mikroskobunda izlenmesi için en iyi örnekler küçük, sert soğanların ince dilimlerinden hazırlanır. Hücrelerin ışık mikroskobu altında oryantasyonu görünürlüklerini artırabilir veya azaltabilir. Işık ne kadar çok geçerse, çözünürlük o kadar iyi olur.