Birçok sindirim reaksiyonu, hidroliz reaksiyonları olarak adlandırılır, çünkü karbonhidrat molekülünün bir su molekülü ile reaksiyona girmesini içerir, bu da karbonhidrat, protein veya yağ molekülünün iki yeni moleküle bölünmesine neden olur. Hidroliz, "sudan ayrılma" anlamına gelen Yunanca bir terimdir.
Biyolojik moleküller nispeten büyük olma eğilimindedir, bu yüzden bağırsaklar tarafından emilmeden önce, daha küçük parçalara bölünmesi gerekir. Sindirim sistemi bunu, enzimlerin yardımı ile, hedeflenen kimyasal reaksiyonların çok daha hızlı gerçekleşmesine neden olan özel proteinler yardımı ile yapar. Birçok insanın laktozu sindirememesinin nedeni, bunu yapacak enzimden yoksun olmalarıdır. Emilebilir moleküllerin parçaları, her molekül tipi için farklıdır.
Nişasta gibi karbonhidratlar, glukoz ve fruktoz gibi daha küçük şeker birimlerinden yapılır. Hidroliz yoluyla kırılan bağa glikosidik bağ denir. Protein birimleri amino asitler olarak bilinir ve bunlara peptid bağları eklenir. Yağlar aslında iki farklı birim tipten yapılır ve bir tür alkol olan yağ asitleri ve gliserollere ayrılır. Bir kere parçalandıktan sonra, bu moleküller kan akışına daha fazla dönüştürüldükleri ve enerji için kullandıkları hücrelere taşınırlar.
