Moleküler denklemler, bileşiklerin reaksiyonlarını, iyonik veya kovalent olsun, sadece bileşikler olarak ve ayrışmış iyonlar olarak göstermeyen kimyasal denklemlerdir. Yalnızca kovalent bileşiklerden bu yana iyonik bileşikler içeren reaksiyonlar için anlamlı bir ayrımdır. ayrışmış iyonları yoktur. Diğer denklem tipi, ayrışmış iyonları kendi yükleriyle gösteren bir iyonik denklemdir.
Moleküler denklemlerin yazılması nispeten basittir, ancak sembolize ettikleri reaksiyonları sıklıkla yanlış temsil ederler. Bunun nedeni, bu reaksiyonların sıklıkla, bileşenlerin yalnızca bazılarının gerçekten reaksiyona girdiği sulu çözeltilerde ortaya çıkmasıdır. Örneğin, kalsiyum klorür ve gümüş nitratın bir moleküler denklemi kalsiyum nitrat ve gümüş klorür oluşumunu gösterir. Bu iki şekilde yanlış temsilcidir. İlk olarak, mevcut mevcut reaktanlar kalsiyum klorür ve gümüş nitrat değil, tamamen ayrışmış kalsiyum, klorür, gümüş ve nitrat iyonlarıdır. Ayrıca, gerçekte oluşturulan tek bileşik, çözeltiden çöken iyonik bir katı olan gümüş klorürdür. Diğer iyonlar, kalsiyum ve nitrat reaksiyona girmez ve çözelti içerisinde kalır. Bu reaksiyona girmeyen bileşenleri tamamen kaldırmak için bir iyonik denklem basitleştirilebilir.
Moleküler formül, kavramsal bir yardım olarak geçerli ve faydalı olabilir veya reaksiyondan sonra suyun kaynatılarak çıkarılması veya çözünmüş iyonların iyonik bileşikler ile birleşmek üzere geride kalmasını sağlayan başka bir usulle ayrılması durumunda daha doğru bir model olarak kullanılabilir. .