Patojenik olmayan bir organizma, tüketildiğinde veya bir konakçı organizmada yaşarken hastalığa neden olmayan bir organizmadır. Hastalığa ve hastalığa neden olan organizmalar "patojenik" olarak bilinir.
Yalnızca patojenik olmayan organizmalar konakçılarına zararsız değildir, aslında faydalı olabilirler. Bazı araştırmalar, MedicineNet’e göre patojenik olmayan bakterilerin zararlı bakterilerin üremesini ve üremesini engelleyebileceğini göstermiştir. Pek çok patojenik olmayan organizma, hastalık ve bozulmaya neden olmadan insanların ve diğer hayvanların bağırsak kanallarında da uzun süre yaşayabilir. Bu organizmalar Chilomastix mesnili, Endolimax nana ve Entamoeba coli gibi patojenik olmayan protozoaları içerir.
