En az sayıda gen taşıyan kromozom, Y kromozomudur. Y kromozomu yalnızca yaklaşık 344 gen taşır. Y kromozomundaki genler, cinsiyeti belirler ve erkeklerin cinsel özelliklerini kodlar.
Y kromozomunun yokluğu veya varlığı bir insanın cinsiyetini belirler. Y kromozomu, X kromozomu ile eşleşir; bu çift cinsiyet kromozomları denir. Erkeklerde bir X ve bir Y kromozomu vardır. Bir insan sperm hücreleri yaptığında, Y kromozomu, X kromozomundan daha az gen içerdiğinden, eşiyle genetik materyal alışverişi yapamaz. Bu nedenle Y kromozomu, bir erkek neslinden bir sonraki erkek nesile nispeten değişmemiş bir biçimde geçer. X kromozomu, Y kromozomundan çok daha büyüktür. Bir kadın iki X kromozomuna sahiptir. Vücudu yumurta hücresi oluşturduğunda, her bir X kromozomunun parçaları kopar ve yeni genetik kombinasyonlar oluşturmak için yeniden birleştirilir.
