Bir molekül aynı elementin en az iki atomundan oluşurken bir bileşik en az iki element içerir. Bir molekül örneği, iki hidrojen atomu olan ve H2 olarak temsil edilir. Bir bileşiğin bir örneği, iki hidrojen atomu ve bir oksijen atomu olan su (H20) olacaktır.
Bileşikler, içindeki molekülleri içerir. Örneğin, sudaki hidrojen bir moleküldür, çünkü elementin en az iki atomu vardır; Bununla birlikte, oksijen, yalnızca bir atomu bulunduğundan kendi başına bir molekül olmaz. Bazı diğer molekül örnekleri arasında moleküler azot (N2) ve moleküler oksijen (O2) bulunur ve diğer bazı bileşikler metan (CH4) ve karbon dioksit (CO2) içerir.