Barajlar balık göçlerini engeller ve çökeltileri aşağı akıntıya karşı korur. İlk kurulduğunda, barajlar genellikle suyun aktığı baraj tarafında su basmasına neden olur. Barajlar, sivrisinek üremesini teşvik etmek gibi birkaç tehlikesi olan durgun su kütleleri oluşturur.
Barajlar, özellikle büyük olanlar, özellikle de suyun tıkanmaya doğru aktığı barajın arkasındaki alan için çevre için birçok sorun yaratma potansiyeline sahiptir. Hem doğa hem de bölgede yaşayan insanlar için dezavantajlar vardır.
Doğa üzerinde birçok olumsuz etki var. Barajlar nehirler gibi akan su kütlelerini bloke ettiğinden üreme akışına veya yaşam döngüsünün bir parçası olarak bağlı olan hayvanlar tehlikeye girer. Örneğin, yaşadıkları yerlerden farklı bir yerde çiftleşen göçmen balıklar çiftleşemezler ve popülasyonda düşebilirler. Su birikmesi, suyun doğal kıyı şeridinde yetişen bitki yaşamı için de tehlikelidir. Bitki ömrü su altında kalır ve ölür. Ek olarak, normalde nehirde yıkanan yararlı tortu engellenir ve bu da toprağın kazağının barajdan verimliliğini azaltır.
Birçok insan barajlar nedeniyle yerlerinden edilmiştir. Yeni bir baraj nedeniyle su altında kalacak bir bölgede yaşayan insanlar, evlerini yükselen suya taşımak ve kaybetmek zorundalar.
