Atomlar, evreni oluşturan küçük parçacıklardır, moleküller atomlardan (hatta tek bir atomdan bile yapılır). Ancak, her ikisi de küçük, tanımlanabilir birimler oluşturur.
Atomlar, kalemlerden insanlara, okyanuslara kadar her şeyi oluşturan şeydir. Bir zamanlar bilim adamları, mümkün olan en küçük parçacık olduklarını ve bölünemez olduklarını düşündüler; ancak bunlar ayrılabilir. Her atomun yörüngeli elektronlarla çevrili protonlardan ve nötronlardan oluşan bir çekirdeği vardır. Protonlar pozitif olarak yüklenir ve elektronlar negatif olarak yüklenir. Nötronlar nötrdür. Bu parçacıkların üçü de kuark adı verilen daha küçük parçacıklara ayrılabilir. Bir atomun sahip olduğu proton, nötron ve elektron sayısı, hangi element olduğunu belirler. Örneğin, sodyum 11 proton, 11 elektron ve 12 nötron içerir.
Diğer taraftan, bir molekül kendi yoluyla bölünmezdir: tanımı gereği, bu maddenin özelliklerini hala koruyan bir maddenin en küçük parçacığıdır. Bu nedenle, daha küçük parçalara (atomlar vb.) Ayrılabilmesine rağmen, bir birim yapar. Tek atomlar, soy gazlar gibi bir molekül oluşturabilir.
Çoğu molekül, atomlar belirli bir şekilde bağlandığında oluşur. Örneğin, su için kimyasal formül H20'dur, yani iki hidrojen atomu bir oksijen atomuyla bağlanır. Bu bileşikten bir set, tam olarak iki hidrojen atomu ve bir oksijen atomu bir molekül yapar. Tekrar bölünmüş olsaydı, su değil, hidrojen ve oksijen atomları olurdu.