Afrika'da su kirliliğinin ana nedenleri: şehirleşme, ormansızlaşma, endüstriyel süreçler, madencilik ve tarım. Su kirliliği, okyanuslar, göller, akiferler ve nehirler gibi su kütlelerinin kirlenmesi olarak tanımlanabilir. Zararlı bileşikleri çıkarmadan ya da işlemeden kirleticiler su kütlelerine boşaldığında meydana gelir.
Daha fazla insan Afrika'daki kasaba ve şehirlere taşınırken, su kirliliğine yol açan bir dizi faktöre katkıda bulunur. Kentleşme, yetersiz kanalizasyon yönetimi ve arıtmasıyla sonuçlanan kentsel alanlarda tıkanmaya neden olmaktadır. Bu sıkışık şehir alanlarından arıtılmamış atık su, su kütlelerine salındığında, su kirliliğine neden olur. Kentsel bölgelerdeki endüstrilerden gelen kimyasallar da su kirliliğine neden olmaktadır.
Kentsel büyüme ve tarım için toprağı temizlemek su kirliliğine yol açar. Toprak örtüsüz bırakıldığında, toprak erozyonuna meyilli hale gelir. Toprak yağmur yağdığında su kütlelerine yıkanır, bu da suyu kirli ve insan kullanımına uygun hale getirmez.
Afrika'daki gelişmekte olan birçok ülke, uygun atık imha önlemleri alınmadan hızlı bir şekilde endüstriyel büyüme yaşıyor. Endüstriler suyun pH'ını değiştiren, rengini değiştiren ve ötrofikasyona yol açan atıklar üretmektedir; bu, aşırı besin maddelerinin daha fazla kirlenmeye neden olan bitkilerin aşırı büyümesine neden olduğu bir süreçtir.
Nijerya ve Güney Afrika gibi birçok Afrika ülkesinde, su kütlelerinde biriken ve su pH'ını etkileyen tuz ve mineral miktarını artıran çok sayıda madencilik faaliyeti var.
Çoğu Afrika ekonomisi tarıma güveniyor. Tarımda kullanılan bazı yöntemler toprak erozyonunu arttırmakta ve aşırı gübre ve böcek ilacı kullanmaktadır. Yağmur yağdığında, gevşek toprak, aşırı gübre ve böcek ilaçları su kütlelerinde yıkanır ve su kirliliğine neden olur.
