Bir mercan resifinin besin zinciri, avcılar tarafından yenen mikroskobik organizmalar, omurgasızlar, balıklar ve kaplumbağalar tarafından yenen su, karbon dioksit ve güneş ışığından yiyecek üreten alglerle başlar. Mercan resif ekosistemleri dahil tüm ekosistemlerde üretici, tüketici ve ayrıştırıcı bulunmaktadır.
Mercan resifleri, deniz anemonları ve denizanasıyla ilgili büyük kolonilerde yaşayan ve kalsiyum karbonattan yapılmış sert iskeletler salgılayan mercan, omurgasız hayvanlar tarafından yaratılmıştır. Mercanlar kendi yiyeceklerini üretemezler, ancak çoğu, dokularında korudukları çeşitli alg türlerine ev sahipliği yapar ve karşılığında onlardan enerji alırlar. Bazı mercanlar, yüzen küçük balıkları veya omurgasızları tüketir. Diğer algler, serbest yüzen tek hücreler veya deniz yosunu gibi mercanların dışında yaşar.
Mercanlar ve algler çeşitli balık türleri ve diğer hayvanlar tarafından yenir. Kelebek balıkları, eğe balıkları ve küçük hanımefendileri özel mercan yiyicileridir, ancak farklı türler mercanların farklı kısımlarını yerler. Besin zincirinin sonunda ölü organizmaları parçalayan ayrıştırıcılar ve detritivorlar bulunur. Mercan resifinde bunlar öncelikle bakteridir. Hayvan türleri ayrıca, deniz salatalıkları, salyangozlar, yengeçler ve kıl kurtları dahil olmak üzere bakterilerin performanslarının geri dönüşümüne katkıda bulunur.
