Clemson University Extension'a göre suni veya inorganik gübre kullanmanın en büyük dezavantajı, yer altı suyunu kirletme riski taşımaları ve bazı inorganik gübrelerin bitki örtüsü üzerinde kalmalarına izin verilirse bitkilere zarar vermesidir. Ayrıca, Oregon State University Extension'a göre toprağa organik gübreler kadar fazla besin katmazlar ve doğal gübrelerden daha sık uygulanmaları gerekir.
Yapay gübrelerde bulunan besinler toprakta çok uzun süre kalmazlar. Bu nedenle bahçıvanlar topraklarına organik gübrelerden daha sık inorganik gübreler uygulamalıdır. Besin maddelerini toprağa daha yavaş sayan ve bu nedenle daha az uygulama gerektiren inorganik gübreler bazı üreticilerden temin edilebilir.
Yapay gübreler bir üretim işleminden geçerken gübre gibi organik gübreler tipik olarak bu tür işlemlerden geçirilmez. Arıtma işlemi, azot, fosfor ve potasyum olan bitkilerin ihtiyaç duyduğu üç temel besin maddesinde çok yüksek gübreler oluşturur. İnorganik gübreler bu minerallerin bu kadar yüksek konsantrasyonlarına sahip olduklarından, gübre ve kompost gibi gübrelerden daha hızlı çalışırlar. Bu nedenle suni gübrelerin potansiyel dezavantajlarına rağmen ev bahçıvanları ve çiftçiler arasında bu kadar popüler olmalarının nedeni budur.
