Çekirdekleri mikroskop altında daha görünür hale getirmek için hayvan hücrelerini lekelemek için metilen mavisi kullanılır. İnsan yanak hücrelerini lekelemekte yaygın olarak kullanılan metilen mavisi, bir Carlton College web sitesini açıklar.
Hücre boyama, bir hücre içindeki belirli bileşenlerin görselleştirilmesini geliştirdiğinden yararlıdır. Hücre boyama, hücre bölünmesindeki aşamalar gibi işlemleri vurgulamak için de kullanılabilir. Metilen mavisi özellikle hayvan hücrelerinin ve kan filminin boyanmasında kullanılır. Bu boyama ortamı, hücrelerin çekirdeklerini boyayarak ve belirli bir yapıyı ışık mikroskobu altında daha görünür hale getirerek çalışır. Lekeleri ve boyaları emebilen herhangi bir dokuya kromatik denir. Metilen mavisi gibi lekeler olmadan, hücreler mikroskop altında neredeyse saydam görünür. Kullanılan leke tipi, yapılması gereken teknikleri ve slayt preparatlarını belirler; örnekler arasında ısı fiksasyonu, kimyasal bir fiksatif ilave etme, yumuşak bir yüzey aktif cismi ile işleme, montaj ve boya çözeltisine daldırma bulunur. Sporları boyamak için kullanılan malakit yeşili ve nişasta göstergesi olan iyot, boyama hücrelerinde kullanılan diğer popüler boyalardır. Lekeli slaytlar, slaydı bir buzdolabında veya karanlık bir ortamda saklayarak daha sonra hafif bir mikroskop altında gözlemlemek için korunabilir. Lekeler transmisyon elektron mikroskobunda da kullanılabilir.
