Absorpsiyon temel olarak ince bağırsakta gerçekleşir, ancak bunun bir kısmı mide ve kalın bağırsakta da yapılır. Emme, ince bağırsakta iki aşamada gerçekleştirilebilir. Bunlara lümen ve membranöz evreler denir.
Absorpsiyonun luminal aşaması lümen içinde gerçekleşir ve pankreas enzimleri tarafından yürütülürken, membranöz aşama intestinal mukoza enzimleri tarafından tahrik edilir. İnce bağırsak oldukça vaskülarizedir, bu da organın besinleri epitelden kana daha iyi taşıyabileceği anlamına gelir. İnce bağırsakta bulunan lenfatik damarlar besinleri toplamanın yanı sıra, onları yok etmek için bulaşıcı maddeler toplamaya yardımcı olur.
