Eubakteriler gram-pozitif eubakteriler, proteobakteriler, siyanobakteriler ve spiroketler olan dört ana kategoriye ayrılır. Eubakteriler, prokaryot bölümünün yakından ilişkili üyeleri olan arkebakterilerden çok daha yaygındır. Eubakteriler, dünyanın en aşırı ve kaçınılmaz ortamları da dahil olmak üzere, dünyanın birçok yerinde yaşar.
Birçok eubakteri yalnızca en karmaşık hücresel düzeyde ayırt edilebilir. Gram pozitif öbakteriler, gram boyama adı verilen bir tekniğe göre tanımlanır ve sınıflandırılır. Bu yöntem, bu organizmaların hücre duvarlarında bulunan peptidoglikanın hacmini tespit etmeyi içerir. Bu madde varsa, özel boyalar bu bilgiyi araştırmacılara geri gönderir, bu da organizmayı gram-pozitif olarak sınıflandırabilir. Bu bakteriler kötü niyetli fakat ölümcül değildir. İnsanlarda strep boğazı ve solunum yolu enfeksiyonları gibi hastalıklara neden olurlar. Proteobakteriler en yaygın ve aktif eubakterileri içerir. Bir proteobakteri tipi, E. coli türlerini içeren enterik bakteridir. Bu bakteri grubu, gazı daha sonra amino asitler ve nükleik asitler oluşturmak için kullanılan maddelere dönüştürerek azotu sabitleyen organizmaları içerir. Siyanobakteriler, oksijen üreten ve fotosentez görevi gören organizmaları içerir. Bu bakteriler genellikle mavi-yeşil algler olarak adlandırılır ve göllerde, akarsularda ve diğer su kütlelerinde görülürler. Son olarak spiroketler, aerobik ve anaerobik formlarda bulunan spiral şekilli eubakterilerdir.
