Eubakteriler ve arkebakteriler, temel olarak hücrelerinin zar ve duvar yapısında bazı temel biyolojik farklılıklara sahiptir. farklı. Archae, eubakteriler gibi, iç zarlardan yoksundur ve manevra yapmak için flagella kullanır ancak peptidoglikandan oluşan hücre duvarlarına sahiptir
Hücre yapılarındaki farklılıklara ek olarak, eubacteria ve archaea farklı flagellalara sahiptir. Arkeobakterilerde bulunan flagella bakteriyel tip IV pili çeşidinden türetilirken, eubakterilerin flageleti tip III salgılama sisteminden gelir. Eubacteria flagellum, içi boş bir merkezi olan ve küçük alt birimlerden oluşan ince ve sap şeklindedir. Archaea'da bulunanlar, aksine, daha kısa, daha geniş ve doğrudan tabana bağlı. Her iki organizma da ikili bölünme işlemi yoluyla eşeysiz olarak çoğalır, ardından tomurcuklanır ve parçalanır. Bununla birlikte eubakteriler, birkaç yıl hareketsiz kalabilen sporlar oluşturmaya devam eder; bu özellik archaea tarafından ifade edilmez. Eubakteriler ve arkeobakteriler, kaplıcalar gibi, yeryüzünün kabuğu içerisinde ve bitkilerin, hayvanların ve insan vücudunda, örtüşen yaşam alanlarını paylaşır. Her ikisi de zor şartlarda hayata adapte olur, ancak eubacteria nemli iklimi tercih ederken arkeobakterler sıcak ve kuru yerlerden yararlanır
