İyot, hücrelerin görünürlüğünü artırmak için mikroskobik incelemeden önce soğan hücrelerini lekelemek için kullanılır. Soğan ve diğer sebzeler de dahil olmak üzere pek çok hücre genellikle şeffaftır. Boyanmamış hücreler mikroskop altında görüntülendiğinde, ışık doğrudan hücrelerin çeşitli yapılarının içinden geçerek çok az veya çok fazla ayrıntı göstermez. Buna karşılık, iyot veya başka boyalar kullanıldığında, hücre boyayı çeşitli organelleri ve yapılarına emer, ışığı engeller ve gözlemcinin gözünün hücrenin ayrıntılarını tespit etmesine izin verir.
İyot, mikroskobik incelemelerde kullanılan tek boya değildir. İyot, gıda boyası, malakit yeşili ve metilen mavisi yaygındır ve kolayca erişilebilen boyalardır. Malakit yeşili ve metilen mavisi özel akvaryum mağazalarında mevcuttur, ancak çoğu eczanede ve marketlerde iyot ve gıda renklendirmeleri mevcuttur.
Farklı hücre yapıları farklı boyalarla daha iyi çalışır. Bu nedenle, bilim adamları belirli organellere uyarlanmış bir boya kullanabilirler. Ek olarak, bilim adamları, bir bitkinin veya hayvanın hücrelerinin birçok farklı bölümünü vurgulayan çok sayıda boya kullanabilirler. Bilim adamları her zaman özen göstermek zorundadırlar çünkü boyalar sadece hücreleri boyamazlar. Bilim adamlarının ellerini ve derilerini de lekeleyebilirler.
