Protistler cilia, flagella ve pseudopodia kullanarak hareket eder. Hareket yöntemi, protist türlerin türüne ve yaşadıkları yere bağlı olarak değişir.
Bazı protistlerin hareketi, yüzeylerinden veya hücrelerin içinden uzayan küçük tüy benzeri çıkıntılar olan kirpikler ile sağlanır. Kirpikler, protistlerin suda yüzerken ritmik kalıplarda hareket etmelerini sağlar. Diğer protistler, uzun kırbaç gibi görünen ve organizmaların akıntı ve dalgalarda durmadan hareket etmelerine yardımcı olan uzun ve iplik benzeri ekler olan flagella kullanarak hareket ederler. Pseudopodia, üçüncü tip protist hareket türüdir. Bu hareket, fagositler gibi bazı hücrelerden geçici bir sitoplazma projeksiyonu içerir.
