Mavi-yeşil algler olarak da bilinen siyanobakteriler, en belirgin şekilde, siyanobakterilerin A klorofil A'ya sahip olduğu diğer bakterilerden farklılık gösterirken, çoğu bakteri klorofil içermez. Bu, karakteristik mavi-yeşil renklerini verir. ve fotosentez sırasında oksijen vermelerine neden olur.
Bakteriler ve siyanobakteriler arasında başka farklılıklar vardır. Bakteriler, onları ilerletmek için küçük kuyruklara veya flagellalara sahip olabilir veya sahip olmayabilirler, ancak siyanobakteriler yoktur. Siyanobakteriler ayrıca diğer bakterilerden tipik olarak daha büyüktür. Bakterilerin çoğu heterotrofik olsalar da, gıda için diğer organik maddeleri kullandıkları anlamına gelir, siyanobakteriler ototroflardır, kendi gıdalarını fotosentez yoluyla organik bileşiklerden üretebilirler.
Siyanobakteriler bakterilerden ne kadar yararlı veya zararlı olmaları açısından da farklılık gösterir. Siyanobakterilerin fotosentez sırasında oksijen yayma kabiliyeti, Dünya'nın ilk atmosferindeki oksijenin varlığından doğrudan sorumludur ve yaşamın gelişmesine izin veren koşullar yaratır. Siyanobakteriler ayrıca insanlara hem faydalı hem de zararlı olabilecek nitrojeni sabitleme kabiliyetine sahiptir. Azot fiksasyonu siyanobakterileri tarımsal gübre olarak faydalı kılar, ancak gübre veya diğer atıklardan azot bazlı akış suları kirletebilir ve nehir ve deniz yaşamını tahrip edebilir. Bununla birlikte, bakteriler gibi siyanobakteriler de hastalıkların önlenmesinde veya tedavisinde yararlı olabilir.
