Proteinler, amino asitlerinin yan zincirleri tarafından dikte edilen karmaşık yapılara sahiptir. Yan zincirlerin doğası, çevrelerinin pH'ı değiştiğinde değişebilir, bu da tüm protein yapısını etkileyebilir ve etkisiz hale getirir.
Tüm enzimler proteindir ve işlevleri enzimin yapısına bağlıdır. Bir proteinin yapısı üç seviye tarafından belirlenir. Birincil yapı, amino asit dizisine karşılık gelir. İkincil yapı, alfa helisleri veya beta tabakaları oluşturan yerel katları içerir. Üçüncül yapı, ikincil yapılar birleştirilerek oluşturulur. İkincil ve üçüncül yapılar, amino asitlerin yan zincirleri arasındaki bağlarla oluşturulur. Enzimler, hücre içerisinde fizyolojik bir değişiklik meydana getirmek üzere reaksiyona girdikleri alt tabakaya bağlanan aktif bölge adı verilen spesifik bir bölgeye sahiptir. Aktif alanın yapısı değişirse, enzim etkisiz hale getirilebilir. Enzim ortamının pH'ını değiştirmek, enzimin yan zincirlerinin yapısını ve oluşturduğu bağları değiştirebilir. Bu, enzimin aktif formundan farklı bir yapıya yol açar. Çoğu enzim ve protein nötr pH'da çalışma eğilimindedir. Midede bulunanlar gibi daha düşük bir pH'ta çalışan bazı enzimler vardır. Bu gibi durumlarda, pH'ı nötr pH'a değiştirmek, onları etkisiz hale getirir.
