Bir protein içerisindeki iki amino asit, bir peptid bağı veya amid bağı ile birleştirilir. . Proteinler, doğrusal polipeptit zincirleri oluşturmak için birbirine bağlanmış bir dizi peptid bağından oluşur.
İki amino asit bir peptid bağında bir araya getirildiğinde, reaksiyon bir su molekülünün kaybına neden olur. Bir polipeptit zinciri kutupludur çünkü farklı uçlara sahiptir, bir ucunda bir alfa-karboksil grubu ve diğer ucunda bir alfa-amino grubu vardır. Proteinler, peptit bağlarıyla birleştirilen, 50 ila 2.000 amino asitlik bir polipeptit zincirinden oluşur.
