Genetik materyallerini bir çekirdeğin içinde içeren ökaryotik hücrelerin aksine, prokaryotik hücreler, genetik materyallerinin hücrenin sitoplazmasında yüzmesine izin verir. organeller. Her iki hücre türü de birincil genetik materyali olarak DNA'yı kullanırken, prokaryotlar DNA'larını ökaryotların yaptığı gibi birkaç kromozomun içine toplamanın aksine basit bir dairede düzenler.
Bir çekirdek olmamasına rağmen, prokaryotik hücreler, dairesel DNA halkasını, nükleoid olarak adlandırılan hücrenin küçük bir kısmında toplarlar, ancak bir zar bu DNA'yı birbirine bağlamaz. Genel olarak, prokaryotik hücreler ökaryotik hücrelere göre küçüktür. Bu fark kısmen, prokaryotların hücre etrafında organelleri olmayan kaynakları taşımaya çalışırken yaşadıkları kısıtlamalar nedeniyle oluşur.
Prokaryotlar, tarih öncesi ökaryotları önemli ölçüde gösterir ve ilkel yapıları bunu gösterir. Başarılarının bir kısmı, genetik materyali doğrudan diğer hücrelerle değiştirebilme yeteneklerinde yatmaktadır. Yatay gen transferi denilen bu yetenek antibiyotik direncine izin verir. Prokaryotlar, yatay gen aktarma yöntemi olarak plazmid adı verilen küçük DNA halkaları kullanır.
Prokaryotik hücrelerin çoğu, onları çevreleri boyunca ilerleten uzun, kırbaç benzeri bir kuyruk olan flagelluma sahiptir. Ökaryotik hücreler, fonksiyonlarına bağlı olarak farklı tipte lokomotor yapılara sahiptir.