Merriam-Webster Sözlüğüne göre, "patojenik olmayan", bir organizmanın hastalığa neden olmadığı anlamına gelir; bu nedenle patojenik olmayan bakteriler hastalığa neden olmaz.
Örneğin, insan sindirim sistemi düzgün çalışmasına yardımcı olan bakteri içerir. Bu bakteriler sadece sindirim sürecine yardımcı olmakla kalmaz, aynı zamanda patojen bakterileri de öldürür. Bakteriler peynir, ekşi krema ve yoğurt gibi belirli süt ürünlerinin üretiminde kullanılır. Doğal dünyada, bazı bakteriler parçalayıcı olarak işlev görerek ölü organizmaları parçalamaktadır. Diğer bakteri türleri yağ tüketir ve bu doğal eğilim en çok petrol dökülmeleri veya sızıntıları sırasında görülür.
