Musluk suyunda bulunan bakteriler arasında, daha yaygın olarak E. coli olarak bilinen cryptosporidium, legionella pneumophila, rotiferler, copepodlar ve Escherichia coli bulunur. Rotiferler ve copepodlar içme suyunda yaygın olarak bulunur ve insan gözüyle görebilecek kadar büyüyebilir, ancak insanlara nadiren zarar verir. E. coli, Çevre Koruma Ajansı standartlarına göre, içme suyunun yüzde 5'ine kadar yasal olarak bulunabilir.
Lejyoner hastalığına neden olan bakteri olan Legionella pneumophila, suda doğal olarak bulunur, ancak genellikle filtrasyon ve su arıtma teknikleri ile yok edilir. Sadece nadir durumlarda lejyonella içme suyunda ortaya çıkar. 2015 yılında New York'ta kirli su nedeniyle 127 kişiyi etkileyip 12 kişiyi öldüren bir salgın meydana geldi.
İnsan ve hayvan dışkı atığı, tek hücreli bir organizma olan cryptosporidium tarafından yaygın olarak görülen kirlenme kaynaklarıdır. Cryptosporidium bulaşmış bir kişi ishal, kusma ve kramp gibi semptomlar yaşayabilir. Modern filtreleme ve su arıtma teknikleri, bu bakterilerin yaklaşık yüzde 99'unu içme suyundan filtre eder.
Ayrıca musluk suyunda anabaena circinalis ve salmonella enterica bakterilerinin yanı sıra daha yaygın olarak siyah ekmek kalıbı olarak bilinen Chaetomium ve rhizopus stolonifer'in küf sporlarını bulmak mümkündür.
