Magnetit, birçok demir zengini mineralle serpiştirilmiş küçük miktarlarda oluşur, ancak ağır elementlerle yüklü çok sıvı bir magma olan mafik magma, tek tek kristallerin bir araya gelmesi için yeterince yavaş soğuduğunda yalnızca kristallerin gövdelerini oluşturur. Manyetit, saf olmayan demir bakımından zengin kireçtaşının metamorfizması sırasında da oluşabilir.
Kireçtaşının jeolojik metamorfizması sırasında manyetit oluşumu, yalnızca Dünya'daki oksijen seviyelerinin okyanuslarda biriken demirin birikmesi için yeterli olmasından önce oluşan kireçtaşı ile oluşur. Bu demir okyanus suyundan toplanıp katılaştığı ve deniz tabanında demir cevheri oluşturan seviyelere ulaştı. Bu demir cevherinin bir kısmı, ısı ve basıncı içeren jeolojik işlemlerden geçerken, manyetit haline geldi. Fotosentetik organizmalar o zamandan beri Dünya'daki oksijen seviyelerini büyük ölçüde arttırmıştır ve demir okyanuslarda çok hızlı bir şekilde okside olduğundan artık dayanmamaktadır.
Manyetit, doğal olarak az sayıda bulunan manyetik malzemelerden biridir ve oluştuğu gibi, manyetik kutupları da Dünya'nınkilerle aynı hizadadır. Ancak bir kez oluştuğunda, manyetik alanın manyetik hizalaması, Dünya'nın manyetik alanı değişse bile değişmez. Bu özellik, bilim insanlarına Dünya'nın manyetik alanlarının milyarlarca yıl öncesine kadar nasıl davrandığının bir kaydını sunar.
