Klor, topraktaki faydalı mikroorganizmaları öldürebilir ve böylece bitki büyümesini etkiler; bununla birlikte, çoğu klorlu içme suyu, belirli bir alandaki bitki ömrünü olumsuz yönde etkileyecek kadar konsantre değildir. bitki topraktan olumsuz yönde etkilenebilir.
Çoğu topluluk, sakinlerin güvenliğini sağlamak için içme suyuna az miktarda klor ekler. Tipik içme suyu, topraktaki faydalı mikroorganizmaları gerçekten elimine etmek için yeterli miktarda klor içermez, böylece bitki büyümesini minimum düzeyde etkiler. Toprakta bulunan faydalı mikroorganizmalar bu kadar yüksek oranda ürer ve bu da klorlu suyun etkilerini neredeyse karışır hale getirir.
Klor ayrıca toprak parçacıklarının yüzeylerine de bağlanır ve bu da klorun faydalı mikroorganizmaları tahrip etme kabiliyetini azaltır. Ek olarak, klorlu su daha düşük toprak seviyelerine doğru ilerledikçe, klor bu toprak parçacıklarının yüzeylerine bağlanır, bu da suyun aşağı doğru hareket ederken daha az klor içerdiği anlamına gelir. Çalışmalar, klorlu içme suyuna maruz kalan toprağın, sadece toprağın 1/2 inçindeki mikroorganizmalarda bir azalma gösterdiğini göstermektedir. Toprak seviyesindeki 1 inçten daha derin mikroorganizmalar klordan etkilenmemiştir.
