Jüpiter kuru ve kalın bir atmosfere sahiptir; yüksek hızlı rüzgarlar, türbülans ve uzun süreli fırtınalar yaygındır. Jüpiter’deki hava Dünya gibi kayalık bir gezegende bulunandan çok farklı.
Jüpiter'in üst atmosferindeki rüzgarlar, saatte 220 milden daha fazla hızla seyretti. Bilim adamları Jüpiter'in bulutların altında neye benzediğini tam olarak bilmiyorlar. Ancak, çoğu atmosferin 30 mil kalınlığında olduğunu ve iki kat bulut içerdiğini düşünüyor. Bulutların alt katmanı kalın ve opak iken üst katmanı ince ve saydamdır. En kalın bulutların altında ne olduğu bilinmemektedir, ancak çoğu bilim adamı Jüpiter'in gezegen ve atmosferi arasındaki sınırı oluşturan gerçek bir yüzeye sahip olduğundan şüphelenmektedir. “Yüzeyin” bir bulamaç, donmuş gaz topu olması mümkündür.
Jüpiter'in en azından son birkaç yüzyıldır devam eden ünlü bir kırmızı noktası var. Kırmızı nokta, neredeyse gezegeni inceleyen gökbilimcilerden gelen tüm tarihi kayıtlarda kaydedilmiştir. Bilim adamları dev kırmızı noktanın aslında Jüpiter’de bir kasırga ya da kasırga olduğundan şüpheleniyorlar. Ancak, bu fırtına Dünya üzerindeki fırtınalardan çok daha büyük. Kırmızı nokta zamanla küçülür ve büyür, ancak en büyüğü 25.000 mil çapındadır.
