İnce bağırsağın ana işlevi yiyecekleri ve besinleri emmektir. Yiyecekler mideye girdiğinde, asit onu parçalamaya başlar ve bazı besin maddeleri midede emilir. Daha sonra gıda, kalan mide asidini nötralize etmek ve kalan besinleri parçalamak için enzimler ve sodyum bikarbonatın pankreastan aktığı ince bağırsağa geçer. Kalın bağırsak suyu emer ve dışkı maddesi oluşturur.
İnce bağırsak ayrıca vücudun bağışıklık sisteminde de rol oynar. Probiyotik bağırsak florası sadece sıkıntılı bileşiklerin sindirimine yardımcı olmakla kalmaz, aynı zamanda vücudun bağışıklık tepkisini de arttırır.
Yiyecek ince bağırsağa girdiğinde, vücut her tür molekülü farklı şekilde işler. Yağlar yağ asitleri ve gliserole parçalanırken, proteinler vücuda kolay emilim için amino asitlere ve peptitlere parçalanır. Karbonhidratlar basit şekerler halinde parçalanabilir, ancak karmaşık karbonhidrat molekülleri ince bağırsağın içinden nispeten sağlam geçer. Kalın bağırsaklara ulaştığında, bakteriler onları parçalara ayırır ve bir yan ürün olarak bağırsak gazı üretir. Bu yüzden fasulye gibi karmaşık karbonhidratlar yüksek gıdalar bağırsak rahatsızlığına neden olabilir. Bu etkiyle mücadele etmek için, özel enzimler, bakterilerin onları tüketme şansı olmadan kompleks karbonhidratları parçalayarak gaz salınımını önler.
