Hidrojen doğada saf formda mevcut değildir ve bunun yerine fosil yakıtlar, güneş, jeotermal ve rüzgar enerjisi gibi birincil bir enerji kaynağından üretilir veya oksijen gibi diğer elementlerden elde edilir. Hidrojen, Dünyadaki, sudaki ve atmosferdeki diğer elementlerin içine gömülü veya beraberinde bulunur. Hidrojen oldukça bol olmakla birlikte, çevresindeki mineral ve elementlerden ayrılması ve ayrılması genellikle zordur.
Birincil hidrojen kullanımı bir enerji kaynağıdır, ancak önce kullanılabilir yakıt ve elektrik formlarına dönüştürülmeden önce hidrojen üretilmelidir. Bunu yapmak için, bir buhar veya buhar üretmek üzere hidrokarbonları ve su moleküllerini birleştiren buhar reformu sürecinde üretilir. Hidrojen bazlı buhar, farklı yakıt türleri oluşturmak için metan gibi diğer maddelerle birleştirilebilir. Suyun oksijen ve hidrojen moleküllerine ayrıştırılması için elektrik akımı kullanan elektroliz tekniği, elektrik üretmek için bir başka hidrojen üretim yöntemidir. Topraktan, hidrojen çeşitli minerallerden ve elementlerden elde edilir. Suda, genellikle oksijenle birlikte bulunur. Hidrojen ayrıca fosil yakıtları oluşturur; Bu maddelerde, karbonun yanında sıkça bulunur. Kullanışlılığına rağmen, hidrojen ekstraksiyonu işlemi zaman ve ekonomi açısından çoğu zaman zor ve verimsizdir.