Stromatolitler, çok uzun bir süre boyunca çoklu bakteri katmanlarının büyümesiyle oluşan geniş kaya oluşumlarıdır. Bunlar genellikle höyük, sütun ve yaprak şeklini alır. Bu stromatolitler içinde fotosentez yapabilen tek hücreli mikroplar olan siyanobakteriler gelişir. Stromatolitlerin alabileceği çeşitli formasyon tiplerinde birçok farklı katman vardır.
Stromatolitler, belirli bölgelerde bulunan bakteriler birikmeye ve tabaka üzerinde tabaka oluşturmaya devam ettiklerinde oluşur. Bu genellikle birçok farklı siyanobakterinin bulunduğu ve çevrenin doğal hareketlerinin kendilerini bu tür tabaka gelişimi için ödünç verdiği alanlarda meydana gelir. Göller, nehirler ve hatta bazı toprak türleri gibi bol miktarda su bulunan yerler genellikle siyanobakterilere ev sahipliği yapar. Her ne kadar stromatolitler bakterilerden oluşsa da tamamen prokaryotiktirler, bu nedenle herhangi bir DNA'ları yoktur.
Stromatolit oluşumlarının oluşması çok zaman alır, çünkü bu bakteri gerektiren binlerce aşamalı bir süreçtir. Modern stromatolitler salyangozların, solucanların ve oluşturdukları tek hücreli organizmalarda hayatta kalabilen diğer hayvan türlerinin otlanması sonucu tahribata uğramaktadır.
