Bitki hücrelerinin ve hayvan hücrelerinin özelliklerinde görülen temel farklılıklar, bir hücre duvarı, kloroplast ve merkezkaçların varlığı veya yokluğu şeklindedir. ; ama bunun yerine, merkezciller içerirler. Ek olarak, flagella'ya sahip tek bitki hücreleri, seks hücreleridir, oysa çeşitli hayvan hücre türlerinde daha yaygındır.
Bitki hücrelerinin hücre duvarı, hücreye destek sağlayan ikincil bir yapıdır. Hem bitki hem de hayvan hücrelerinde bulunan hücre zarına ek olarak ortaya çıkar. Kloroplastlar, fotosentezin gerçekleşmesini sağlayan organellerdir. Bazı bilim adamları, kloroplastların, nihayetinde yakalanan ve dahil olan bitki hücrelerini tutan eski simbiyotik bakteriler olduğunu iddia ediyorlar.
Hayvan hücreleri, bitki hücrelerinin bulunmadığı merkezcil olarak adlandırılan yapılara sahiptir. Centrioles hücre bölünmesi sürecinde mikrotübüllerin yapımında rol oynar. Bitkiler farklı bir şekilde mitoz geçirir ve mikro tüplere ihtiyaç duymazlar.
Hem hayvanların hem de bitkilerin sperm hücreleri genellikle üreme hücrelerinin yumurta hücresine gitmelerine yardımcı olan flagellaları içerir. Diğer birkaç bitki hücresi de bu tür yapılara sahiptir ve çoğunlukla bitkiler hareketli organizmalar değildir.
