Euglena, atıkları diğer protozoanlarla aynı şekilde, besleyicilerle veya metabolik ürünlerle yüklü suları alabilen ve dışarı aktaran bir vakum çuvalı yoluyla dışarı atmaktadır. Bu boşluklar her yarım dakikada bir sık sık boşaltılıyor.
Öglena'nın plazma membranının sitozolü onları çevre su ortamlarına her zaman hipertonik yapar. Bu, suyun plazma zarından serbestçe akmasını sağlayarak atıkların vakumdan atılmasını kolaylaştırır. Kontraktil vakuoller, her biri farklı bir zarla çevrili iki alt bölmeden oluşur. Bir membran, bileşenlerin protozoa içine ve dışına aktif olarak taşınmasını sağlayan proton-translokasyon enzimleri içeren küçük tüplere ve veziküllere bölünür. Bu aktif taşıma, istenmeyen atık bileşenleri dışarı pompalayan ve istenen besin maddelerini protozoa içine pompalayan membran enzimleri olmakla birlikte, elektrokimyasal bir gradyan oluşmasını içerir.
Diğer membran, birinci enzimlerin bulunmadığı bir rezervuar için bir muhafaza görevi görür. Bu ikinci membran elastiktir ve fazla sıvının depolanması için genleşmesini sağlar. Elastik membran, istenmeyen atık ürünleri çıkarmak için iki alt bölmeyi çevreleyen dış plazma membranı ile birleşebilir. Atık ürünün dışarı atılmasının yanı sıra, vakumlu çuval, euglena'nın iç kısmının çevresindeki ortamla geçişinden sorumludur.
