El Niño olarak bilinen hava durumu, Pasifik Okyanusu üzerindeki zayıf ticaret rüzgarlarından kaynaklanmaktadır. Normalde, ılık su, batı Pasifik Okyanusu'na ticaret rüzgarları tarafından itilerek, doğu Pasifik Okyanusunda soğuk suyun yükselmesine neden olur. Zayıflamış rüzgarlar bunu engelleyerek El Niño etkinliğine neden oldu.
Normalde derin okyanus suyunun Güney Amerika kıyılarından yükselmesine neden olacak kuvvetli ticaret rüzgarları El Niño etkinliği sırasında zayıflar. Zayıflamış ticaret rüzgarlarının kesin nedeni bilinmiyor; Ancak, bilim adamları El Niño Güney Salınımı olarak adlandırılan Pasifik okyanusunda su yüzey sıcaklıklarının salınımını fark ettiler.
Pasifik Okyanusu'nun Endonezya çevresindeki bölgesi, bilim adamları tarafından genellikle Pasifik Sıcak Havuzu olarak adlandırılır. Normalde, Pasifik Sıcak Havuzunun ılık suları, ticaret rüzgarları tarafından batıya doğru itilir. El Niño, öncelikle bu fenomenin zayıflaması ile karakterizedir.
El Niño'nun etkisi dünya genelinde hissedilir, ancak öncelikle Güney Amerika'yı etkiler. El Niño, sık sık artan yağışlara, fırtınalara, balığın toplu atıklarına ve aşırı El Niño olaylarında büyük sele neden olur. El Niño ayrıca dünya genelinde bölgesel iklim düzenlerinde sıcaklık değişikliklerine neden oluyor. El Niño, Aralık, Ocak ve Şubat aylarında gerçekleşir.