Ekoturizm, dünya genelindeki koruma çabalarına ihtiyaç duyulan fonları getirebilir, ancak doğru şekilde ele alınmadığı takdirde, vahşi yaşam ve yerel topluluklar üzerinde stres yaratabilir. Her yıl kırılgan bir ekosistem ne kadar ziyaretçi olursa, trafik habitatlara zarar verme ve yerel çevreyi etkileme ihtimali o kadar fazladır. Ekoturizm, yerel iş ve altyapıya mal olan bir bölgeye dış yatırım ve gelişmeyi de getirebilir.
Ekoturizmin en büyük dezavantajı, yerel ekonomiyi turistlerin ekonomisine dönüştürmesi ve bölgenin doğal ekonomik beklentilerini varlıklı yabancılara hizmet etme lehine boğması. Bu, işçilere hizmet veren daha iyi ücretler buldukları ve ekonomik bir düşüşe neden olabilecekleri için yerel sanayiyi ve tarımı tahrip edebilir. Dışarıdan gelen bir nakit akışı bunu biraz telafi edebilir, ancak yerel ekonomiyi tamamen istikrarsız bir ekonomik durum olan yabancı fonlara bağımlı kılar.
Turizm departmanları, nadiren vahşi hayata erişim ile tehlike altındaki bitki ve hayvanların korunması arasında bir denge kurmalıdır. Turistler nadir habitatları ve yolcularını göremezlerse, bölgeyi ziyaret etmek için hiçbir neden yoktur, ancak çok fazla trafik olumsuz bir etkiye sahip olabilir. Kötü düzenlenmişse, yerel rehberler ziyaretçilere ekoturizm endüstrisinin merkezindeki hayvanlara zarar verecek şekilde düzenlenmiş faaliyetleri atlama şansı sunabilir.
