Mikroskop kullanmadan bir mikroorganizma göremezsiniz. Ayrıca kirli gıdalardaki bakteri gibi mikroorganizmaları tadamaz veya koklayamazsınız. Bununla birlikte, ter metabolize eden bakteri kokusunu koklayabilirsiniz. Ayak tırnağı mantar enfeksiyonları da koku oluşturur.
Tüm bakteriler ve archaealar mikroorganizmalar olsa da, sadece bazı mantarlar ve algler. Rotor ve bazı protozoalar gibi bazı hayvanlar mikroskobiktir. Küçük organizmalar toprakta, atmosferde, okyanus tabanında ve derin iç kayalıklarda yaşar. Mikroorganizmalar, ekosistemlerdeki besinlerin geri dönüşümünde ayrışmaya yardımcı olur. Havadaki mikroorganizmalar yağış ve hava koşullarını etkileyebilir. Diğerleri azot döngüsünde aktiftir.
