Ototrofik dinoflagellatlar, ışık enerjisini fotosentez kullanarak kimyasal enerjiye dönüştürerek kendi yiyeceklerini oluştururlar. Heterotrofik dinoflagellatlar diğer karmaşık organik maddelerin işlenmesinden besin alırlar. Bu dinoflagellatlar alg, diğer dinoflagellatlar ve deniz planktonunun larvaları veya yumurtaları ile beslenir.
Dinoflagellatlar, planktonda önemli bir bileşen oluşturan tek hücreli deniz organizmalarıdır. Çok sayıda alg türünde bulunurlar ve tatlı sularda, haliçlerde, tropik denizlerde ve hatta kutuplarda yaşayabilirler. Planktonik alglerdeki bu mikroorganizmalar istiridye, tarak, istiridye ve kabuklu larvalar için yiyecek sağlar. Fotosentetik dinoflagellatların popülasyon yoğunluğundaki bir patlama, yaygın olarak “kırmızı gelgit” olarak bilinen olguyu yaratan suyun rengini değiştirebilir.
