Klorofil molekülünün bir su molekülünden bir elektron almak için ışık enerjisi kullandığı fotosentezin ilk adımı olan Photosplant II. Bu, su molekülünü bölerek oksijen ve hidrojen iyonları üretir. Elektronlar ve hidrojen iyonları, fotosentezin sonraki aşamalarında ATP'nin ve sonuçta karbonhidratların oluşumunu güçlendirmek için kullanılır.
Fotosistem II sırasında, ışıktan gelen enerji, klorofildeki elektronlardan birini uyarır ve onu klorofilden uzağa geçen diğer reseptör moleküllerine kaybedilmesine neden olur. Bu, klorofili bir su molekülünden düşük enerjili bir elektron alarak gideren bir elektron dengesizliği ile bırakır. Klorofil aslında bir reaksiyon merkezi olarak bilinen geniş bir molekül kompleksinin sadece bir kısmıdır ve her bir ana aşamaya elektronları bir fonksiyonel gruptan diğerine geçiren birçok küçük adım eşlik eder.
Klorofil molekülleri, bir fotonun fotosistem II'yi başlatmak için doğrudan onları vurmasına kadar beklemek zorunda değildir. İlk karşılaşma yakındaki başka bir molekülde olsa bile, enerjiyi ışıktan kullanabiliyorlar. Gerçekten de, fotosistem enerjiyi ışıktan klorofil molekülüne aktaran ve transfer eden moleküler bir ışık toplama anteni kullanır.
