Çekirdek, bir proteine kopyalanan DNA üreterek bir lizozomda olanları dolaylı olarak kontrol eder ve daha sonra lizozomları oluşturan DNA'ya bağlanır. Küçük enzim dolgulu keseler olan lizozomlar, hücrede bulunan yabancı parçacıkların veya fazla moleküllerin sindiriminden sorumludur. Bu birinci tip DNA, lizozom inşa eden DNA'daki belirli genleri aktive etme gücüne sahiptir, böylece lizozomların özelliklerini ve fonksiyonlarını kontrol eder.
Çekirdekteki lizozom üretimini kontrol eden gene TFEB adı verilir. Bir TFEB geni, her biri yeni işçi genlerine bağlanan ve bunları aktive eden birçok kopya protein yapabilir. Çekirdeğin içinde, transkripsiyon faktörleri olarak adlandırılan proteinler, TFEB'yi aktive etmekten sorumludur. DNA'dan RNA'ya dönüşürler, ki bunlar bir proteine kopyalanabilir. Böylece çekirdek, kaç tane lizozom oluşturucu protein üretildiğini ve ne kadar hızlı yapıldığını kontrol eder. Science Magazine’e göre, eğer TFEB geninin aşırı üretimi varsa, ayrıca lizozomların da fazla üretimi vardır.
Lizozomlarda bulunan enzimler çekirdek tarafından değil Golgi cihazı adı verilen bir organel tarafından üretilir. Bu enzimler, proteinleri, şekerleri, yağları ve diğer lipidleri, nükleik asitleri ve zararlı bakterileri hücrenin dışından sindirebilirler.
