Hayvan hücreleri, bitki hücrelerinin yapmadığı lizozomlar ve merkezciller gibi yapılar içerir. Hayvan hücreleri de genellikle daha küçüktür ve bitki hücrelerine göre daha fazla çeşitlilik gösterirler.
Hem hayvan hem de bitki hücreleri ökaryotiktir, yani bir çekirdeğe ve zara bağlı organellere sahip olurlar. Bununla birlikte, hayvan ve bitki hücreleri, yapıdaki farklı işlevlerini yansıtan çeşitli farklılıklara sahiptir. Hayvan hücreleri, lizozomları, büyük molekülleri sindiren organelleri içerir. Çoğu bitki hücresinde, lizozomlar yerine vakuoller, makromoleküllerin parçalanmasından sorumludur. Hayvan hücreleri de vakuoller içerir, fakat bitki hücrelerinin genellikle tek bir büyük vakuol içerdiği yerlerde, çoğu hayvan hücresi birkaç küçük olanı içerir.
Hücre bölünmesi sırasında, hayvan hücreleri, kromozomların bölünmek üzere sıralandıkları şekilde organizasyon ve düzenleme için merkezcilikleri kullanır; bitki hücreleri bu silindir şeklindeki organellerden yoksundur. Hayvan hücreleri, yalnızca esnek bir hücre zarına sahip olan bitki hücrelerinin katı hücre duvarından yoksun oldukları için, şekil olarak çok daha fazla çeşitliliğe sahiptir. Bu aynı zamanda, hayvan hücrelerinin, hücre duvarından destek almak yerine, hücresel destek için iç yapılara dayandığı anlamına gelir.
Hem bitki hem de hayvan hücrelerinin enerji depolaması gerekir, ancak bunu farklı şekillerde gerçekleştirirler. Hayvan hücreleri enerji depolamak için karmaşık bir karbonhidrat, glikojen kullanır, bitki hücreleri ise nişasta şeklinde enerji depolar.
