Hayaller beyin korteksi adı verilen beynin bir kısmı tarafından kontrol edilir. REM uykusu sırasında, beynin başka bir yerinden (pons) gönderilen sinyaller talamustan beyin korteksine iletilir ve beyin korteksinin rüyaya sebep olan bu sinyalleri anlamlandırma girişimleridir.
Pons ayrıca omurilikteki nöronlara sinyaller gönderir, onları kapatır ve kollara ve bacaklara geçici felce neden olur. Bu hayalperestin fiziksel olarak rüyasını gerçekleştirmesini ve kendine zarar vermesini önler. REM uykusu davranış bozukluğu denilen bir durum vardır, burada ponslar REM uykusu sırasında uzuvları felç edemezler.
