Bazı bakteriler kendi yiyeceklerini üretir ve emerler, bazıları ise canlı organizmalar veya çürüyen materyalleri hücre duvarlarından çürüterek tüketmek zorunda kalırlar. Bakterilerin tamamlanması için oksijen gerekir.
Birçok bakteri türü süt, et, yağ ve gaz gibi çeşitli yiyecekleri yiyebilir. Bazı bakteriler, insanların ve diğer hayvanların sindirim kanallarında yaşar ve gıdaları sindirmeye ve diğer zararlı bakterileri yemeye yardımcı olarak vücuda yardımcı olur. Daha yaygın olarak E. coli olarak bilinen Escherichia coli, insan vücudunda yaşayan ve besinleri sindirerek, bazı besin maddelerini emerek ve K vitamini salgılayarak hayatta kalan bir bakteridir. E. coli bakterilerinin zararlı versiyonu, insanların hastalanmasına neden olur Yutulduğunda.
Yemek yiyebilmek için bazı bakteriler yiyecekleri hücre duvarlarından emer. Birçoğu ototroftur, yani birçok bitkinin kullandığı fotosentez yöntemine benzer şekilde güneş ışığı, su ve toprak gibi şeyleri kullanarak kendi yemeklerini yaparlar. Ürettikleri yemeği emer ve havaya oksijen bırakırlar.
Bakteriler ayrıca peynir ve yoğurt gibi yiyecekler yapmak için de kullanılır. Süt şekerlerini yerler ve sert peynirlerden daha fazla bakteri içeren yumuşak peynirlerle laktik aside dönüştürürler.
