Amazon Yağmur Ormanı'ndaki ilk yerli insan yerleşimi, swir tarımı veya kesik ve yakma ekimi olarak bilinen rotasyonel bir tarım biçimine dayanıyordu. Yerli Amazonlular, şiddetli yağmur ormanlarının küçük, dairesel bir alanını temizledi, tipik olarak 2.5 ila 5 dönüm arasında, kurumaya bıraktı ve sonra temizlenen ve kurutulan alanı yaktı. Yanan, kurutulmuş bitki örtüsündeki besin maddelerini, başka türlü tarım için uygun olmayan bitkilerin yetişmesini sağlayan bir gübre katmanına dönüştürdü.
Yerli Amazon yerleşimleri küçük olduğundan ve tarla biçimli tarla çiftliği dönme bazında yapıldığından, çevresel bozulma miktarı önemsizdi. Bölgede gerçekleşen günümüzdeki ormansızlaşma ortasından farklı olarak, çevreye geri dönüşü olmayan bir hasar meydana gelmedi.
2015 yılı itibariyle, Amazon bölgesinde yaklaşık 800.000 yerli nüfus bulunuyor ve ilk Avrupalı sömürgecilerin bölgeyi keşfetmeye başlamasından bu yana önemli ölçüde artan toplam insan nüfusu 25 milyondan fazla. Bölgeye yapılan yoğun göçün bir sonucu olarak, ağaçlandırma, petrol ve mineral çıkarımı, büyükbaş hayvancılık ve hidroelektrik barajları gibi faktörler, bölgenin korumasını birçok korumacının geri dönüşümsüz kıldığı şekilde etkiledi.
