Bazen "mavi-yeşil algler" olarak adlandırılsalar da, siyanobakteriler bitki değildir ve prokaryot iken yeşil algler bitkidir ve ökaryottur. Her iki organizma da enerjilerini fotosentezden alır, ancak siyanobakterilerin membran prokaryotlarının yapısal bir özelliği olmayan membranlarla çevrili bir çekirdeği yoktur. Yeşil alglerin aksine siyanobakteriler kloroplast içermez.
Yeşil algler, onları ökaryotlar olarak sınıflandıran bir özelliği olan, zar içine alınmış bir çekirdeğe sahiptir. Yeşil alg hücreleri ayrıca prokaryot hücrelere göre daha büyüktür. Kara bitkileri gibi yeşil algler de kloroplastlara sahiptir, ancak karadaki hayata adapte olmalarını sağlayacak farklı dokulara sahip değillerdir ve suda yaşamaları ve üremeleri gerekir.
Bitki olmadıkları halde siyanobakteriler klorofil içerir ve birçoğu fotosentez yoluyla kendi yiyeceklerini üretebilen bir bakteri sınıfına ait oksijenik fototroflardır. Hücrelerinde iç bölmeler yoktur ve fotosentetik pigmentlerle doludur. Bazı siyanobakteri türleri karanlıkta, bir enerji ve karbon kaynağı olarak sakaroz ve glikoz kullanarak büyüyebilir.
En eski fosillerin bazıları birbirine bağlı siyanobakteri kolonileridir ve genellikle oksijene bağlı karasal yaşamın gelişiminde kritik bir rol oynadığı kabul edilir. Aşırı koşullara son derece toleranslı olarak bilinen siyanobakteriler, Dünya üzerinde gelişen ilk oksijen üreten fototroflardı ve anoksik bir ortamı solunum için oksijen gerektiren organizmaları destekleyen bir organizmaya dönüştürmeye yardımcı oldular.
