Yağmur havadaki kirletici maddelere veya toplanma yöntemine maruz kalabileceğinden, içilemeyecek kadar "kirli" olabilir. Yağmur suyu, test edilmeden ve olası arıtmadan içme suyu olarak kullanılmaya uygun değildir.
Kurum, duman ve toz gibi kirlilik atmosfere düştüğünde yağmur suyuna karışabilir. Tarımsal alanlarda, havadaki gübre kalıntıları yağmur suyunda daha yüksek nitrat konsantrasyonuna katkıda bulunabilir. Yağmur suyunu toplama yöntemi küfleri, algleri, bakterileri ve diğer organik maddeleri saklama kaplarına yıkayabilir. Yağmur varilinde en azından bazı kuş sarkmalarını tehlikeye atmadan, önemli miktarda yağmur suyunun güvenli bir şekilde toplanması zor olabilir.
İçilebilir kullanım için yağmur suyunun hasadı mümkündür, ve ilk adım, suyun kolayca işlenebildiğinden emin olmak için suyu test etmektir. Yağmur suyunun güvenli bir şekilde toplanması, filtrelenmesi ve içilmesi için arıtılması için talimatlar ve ekipman sağlayan yağmur suyu toplama sistemleri mevcuttur.
