Kömürün çıkarılması ve yakılması çevreyi olumsuz yönde etkiler, su ve hava kirliliğine, asit yağmuru, dağın tükenmesi ve asit madeni drenajına neden olur. Atmosferik koşullardaki sert değişikliklerden dolayı biyotik topluluklar.
Fosil yakıtlar, milyonlarca yıl önce tarih öncesi organizmaların çürük organik kalıntılarından oluşan biyo-yakıtlardır. Kömür, doğal gaz ve petrol, elektrik üretmek, hane halkı ve yakıt taşımacılığı için kullanılabilir güç sağlayan yenilenemeyen enerji kaynaklarının büyük bölümünü oluşturur. Ancak, bu malzemelerin yakılması küresel ısınmaya ve çevresel bozulmaya neden olmaktadır.
Kömür özellikle yanma sırasında yayılan çeşitli kirleticilerden gelen havayı etkiler. ABD'de, tipik emisyon oranları, ABD Çevre Koruma Ajansı tarafından bildirildiği üzere, karbon dioksit için 2,249 lbs /MWh, azot oksitler için 6 lbs /MWh ve kükürt dioksit için 13 lbs /MWh'dir. Diğer kirleticiler arasında karbon monoksit ve partikül madde bulunur. Kömür ayrıca küresel ısınmaya neden olan bir sera gazı kaynağı olan metan içerir.
Kömür yakıtlı kazan kullanan enerji santralleri de su kirliliğine katkıda bulunur. Endüstriyel atık sular genellikle suyollarını kirleten arsenik, kurşun ve krom gibi toksik kimyasallar içerir. Kömür madenciliği, asit madeni drenajı nedeniyle yüzey ve yeraltı suyu kirliliğine de neden olabilir. Ekosistemlere zarar veren asit yağmuru, azot oksitler ve kükürt dioksit hidroksil bileşikleri ile kimyasal olarak birleştiğinde üretilir. Dağın tepesinde kömür madenciliği, ormanları dengeleyen ve toprağın üst tabakasını engelleyen ve çoğunlukla artan akışla sonuçlanan bir yöntemdir.
