Asit yağmuru birçok çevresel yan etkiye sahiptir, ancak etkisi büyük ölçüde su kaynakları ve göller, sulak alanlar ve akarsular gibi su ortamları üzerinde görülür, National Geographic. Asit yağmuru alkalinliği, suyun asidi nötrleştirme kapasitesini düşürür ve böylece suyun asitliğini arttırır ve daha zayıf bir ekosisteme yol açar. Asitli su ayrıca balık, istiridye, kerevit ve diğer suda yaşayan hayvanlar için toksiktir.
Asit yağmuru ormanlara düştüğünde, yıkar ve magnezyum ve kalsiyum gibi ağaçların ve bitkilerin büyümesine yardımcı olan besinleri çözer. Ağaçların suyu emme kapasitesini azaltan alüminyum çıkarır. Ağaçlar doğal olarak oluşan alüminyumu ememiyor olsa da, asit yağmuru ağaçlara zarar verebilecek alüminyum nitrat veya alüminyum sülfata dönüştürebilir. Ağaçların doğal savunmasını zayıflatır ve soğuk hava, böcekler, hastalıklar ve diğer ekolojik stresler nedeniyle onları hasara karşı daha savunmasız hale getirir. Asidik yağmur ayrıca yaprakların koruyucu kaplamalarını da yıpratır, onları hasara karşı daha duyarlı hale getirir ve fotosentez yapmalarını düzgün bir şekilde önler.
Çevresel etkilerin yanı sıra, asit yağmuru ayrıca binaların ve heykellerin, özellikle kireçtaşı veya kumtaşı gibi yapıların daha hızlı aşınmasına neden olabilir, çünkü bu kayalar asit yağmurunun yanı sıra hava kirliliğinden kolayca etkilenir.