Yer değiştirme mutasyonları, bir kromozomun bir kısmı yeniden konumlandırıldığında gerçekleşir. Bir kromozomdan gelen genler, aynı kromozomdaki başka bir konuma hareket edebilir; alternatif olarak farklı bir kromozom içine dahil edilebilirler.
Karşılıklı translokasyonlar olarak bilinen bazı durumlarda, iki kromozomun segmentleri birbirleriyle değiştirilir. Bu olduğunda, her iki kromozom mutasyondan önce ve sonra esasen aynı miktarda genetik bilgiye sahiptir. Diğer zamanlarda, genler bir kromozomdan çıkarılır ve karşılık gelen herhangi bir ikame olmadan başka bir kromozomun içine yerleştirilir. Bu örneklere tek yönlü translokasyonlar adı verilir ve genlerin mutasyon sonrası sayılarında gözle görülür farklılıklar bulunan iki kromozomla sonuçlanır.
Translokasyonlar tek tip kromozom mutasyonu değildir. Diğer kromozom mutasyonları, ters çevrmeleri, kopyaları ve eksiklikleri içerir.
