Tarımsal atıklar, sağlık riskleri ve çevresindeki su kütlelerinin ve atmosferin kirlenmesi de dahil olmak üzere çeşitli zararlı etkiler yaratabilir. Tarımsal atıklar, uygun şekilde atılmadığı takdirde, kısa vadeli ve uzun vadeli etkilere neden olabilir ekosistemlerde toprak ve daha geniş ortamlarda yabancı toksinleri toprağa ve suya sokarak.
Tarımsal kirlilik çeşitli kaynaklardan gelmektedir. Pestisitler ve gübreler, tarımsal atık kütlesini ve insan yapımı sentetik kimyasalları ve malzemeleri içerir. Sentetik bileşikler genellikle havaya veya suya maruz kaldıklarında biyolojik olarak bozulmazlar ve on yıllarca, hatta bir asır boyunca oyalanabilirler. Bu kimyasallar böcekleri uzak tutmak ve akıntı olarak akıntı ve su yollarına girmek için mahsul alanlarına püskürtülür. Kirlenmiş su, tarımsal atıkların bir başka birincil etkisidir; su, gübre ve böcek ilacı kalıntıları ile birlikte içme suyu sistemlerine girebilecek virüs ve bakteri gibi patojenlerle kirlenir. Conserve Energy Future'a göre, tarımsal kirlilik su ve göllerdeki başlıca kirlilik kaynağıdır, çünkü kimyasallar ve toksinler bu büyük su kütlelerinin dibine yerleştiklerinde yeraltı sularına girerler. Bu maddelerin birikmesi sonuçta mavi bebek sendromu ve nörolojik rahatsızlıklar gibi sağlık sorunlarına yol açar. Tarımsal atıklar ayrıca su hayvanlarını ve bitkilerini de olumsuz yönde etkileyebilir, çünkü gübre, gübre, amonyak ve atık yerel ortamlara girmekte ve ekosistem süreçlerini bozmaktadır.
