Sodyum klorür kristalleri küp şeklindedir, çünkü birbirlerine çok sıkıca sarılırlar. Hem sodyum hem de klor, çok reaktif atomlardır, sodyum atomu birleştirdiklerinde elektrondan vazgeçerler ve klor atomu onu yakalar.
Bağlantı, hem sodyum hem de kloru iyon olarak adlandırılan elektrik yüklü atomlara dönüştürür. Sodyum iyonu pozitif bir yüke sahiptir ve klor iyonu negatif bir yüke sahiptir. Ortaya çıkan moleküle, her negatif yükü her pozitif yükü çeken bir iyonik bileşik adı verilir. İyonlar, tekrarlayan bir düzenlemede çok sıkı bağlanır. Bu, küp gibi görünen bir sodyum klorür kristalinin oluşumuna yol açar.